Hampir setiap tahunnya  beberapa bagian kota di Kota Makassar mengalami banjir. Banjir itu pada umumnya terjadi pada bulan Desember- Februari, yaitu pada saat curah hujan tertinggi pada setiap tahunnya. Beberapa banjir besar yang pernah terjadi di antaranya adalah pada tahun 1967 dan tahun 1976, sedangkan pada tahun 1983 dan 1986 telah pula terjadi banjir yang walaupun tidak sebesar yang terjadi pada tahun 1976. Banjir yang cukup besar yang terjadi di Kota Makassar beberapa tahun terakhir ini adalah yang terjadi pada tahun 1999 dan tahun 2000, dimana sebagian besar wilayah kota mengalami kebanjiran.

Daerah-daerah yang menjadi langganan banjir pada umumnya merupakan daerah rendah, dahulu berupa empang atau daerah rawa-rawa yang kemudian berkembang menjadi daerah permukiman. Daerah-daerah itu terletak di sepanjang daerah aliran Sungai Tello dan daerah aliran Sungai Jenneberang serta sepanjang Sungai Pampang.
Daerah langganan banjir selanjutnya adalah daerah-daerah hulu atau bagian tengah dari suatu daerah layanan (catchment area), daerah tersebut seperti kawasan Antang, Minasa Upa dan lain-lain. Langganan banjir lainnya adalah sekitar Pelabuhan dan sekitar Jalan Tol dan beberapa kawasan kota lainnya. Tinggi dan lamanya genangan banjir pada setiap tahun bervariasi. Untuk daerah yang pertama dan kedua lama genangan dan kedalaman genangan lebih besar dibandingkan dengan daerah ketiga yang genangannya hanya beberapa jam saja.
Dengan adanya genangan di beberapa lokasi di Kota Makassar, terutama di kawasan wilayah kota baru merupakan salah satu indikator kemampuan drainase yang ada saat ini tidak mampu lagi menampung arus air, baik saluran primer maupun saluran sekunder. Faktor utama yang mengakibatkan terjadinya genangan adalah air hujan tidak mengalir karena disebabkan di samping topografi yang relatif datar juga karena kemampuan saluran itu sendiri. Saluran kanal yang ada di Kota Makassar yang tidak dapat berfungsi secara optimal untuk dapat menampung buangan saluran primer dan sekunder karena banyaknya sampah yang menghambat aliran air buangan.

Masalah topografi yang ditemui di Kota Makassar adalah terhambatnya penyaluran air kotor dan air hujan, dimana laju pengairan yang sangat kecil menyebabkan terjadinya air buangan sehingga menimbulkan bau dan pemandangan yang tidak sedap. Sistim pembuangan air kotor dan air hujan di Kota Makassar merupakan sistim campuran, tidak diadakan pemisahan antara saluran buangan air kotor dan saluran buangan air hujan yang keduanya bermuara di saluran induk yaitu saluran Panampu, saluran Jongaya dan saluran Sinrijala.